Már Rutherford feltételezte a kísérleti tapasztalatok alapján, hogy léteznie kell egy olyan részecskének, amelynek az elektron töltésével egyező abszolút értékű, pozitív töltése van. Tömegét az atommagok osztályozásával lehetett megbecsülni, ha az elemek atomjainak tömegét a hidrogénatom tömegével összehasonlították. A becsült érték az elektron tömegénél kb. 1840-szer nagyobbnak adódott.
 

• Az elem rendszáma (Z) megadja a semleges atom külső burkában lévő elektronok számát, ill. a mag ezzel egyenlő pozitív töltéseinek számát.

• Az elem relatív tömegszáma (A) azt fejezi ki, hányszor nagyobb tömegű az illető elem egy atomja a hidrogénatom tömegénél, ill. mai megfogalmazás szerint a szénatom tömegének 12-ed részénél.

A feltételezett részecske gondolata annyira természetes volt, s egyéb paramétereit is olyan pontosan meg lehetett határozni, hogy létezésében senki sem kételkedett, s a kutatások, számítások eszköze lett. A proton elnevezést is Rutherford adta.
A kísérleti bizonyítással azonban 1925-ig várni kellett, így a proton ékes példája a tudományos előfelfedezések fontosságának.
A kísérleti kimutatás P. Brackett (1897-1974) nevéhez fűződik, aki atommagok ütközéseit vizsgálta. Sikerült rögzítenie azt az eseményt, amikor a nitrogénmag elnyelte az ütköző részecskét, s protonkibocsátás mellett oxigénmaggá alakul át.